A maior parte das dúvidas com relação à contabilidade para médicos são sobre a necessidade ou não de abertura de uma clínica médica legalizada, ou se tornar uma pessoa jurídica para prestar serviços a empresas de saúde ou hospitais, e assim pagar seus tributos como pessoa jurídica, que representa algumas vantagens sobre o trabalho de profissional liberal, dentre outras. O médico empreendedor deve considerar, a princípio, os valores totais de faturamento, fazendo a comparação entre os valores de impostos pagos como pessoa jurídica ou como autônomo. Nesse caso, é importante destacar que, como pessoa jurídica, é possível reduzir consideravelmente sua carga tributária.